Ganondorf
De vijand van Link. Hij is al meerdere keren verslagen en verbannen, dit keer naar de Twilight Realm, maar hij vindt telkens een weg terug. In dit geval met behulp van Zant, een Twili net als Midna. In tegenstelling tot bijvoorbeeld The Wind Waker en The Ocarina Of Time ontmoet Link Ganondorf maar 1 keer. Op dat moment vecht hij ook met hem. Ganondorf neemt eerst de controle over Zelda, zodat ze tegen je vecht. Daarna verandert ook hij (net als jij in de Twilight) in een beest, een reusachtig zwijn (dat zal wel symbool staan voor zijn hebzucht, vraatzucht voor een zwijn, naar macht). Wanneer je dit beest verslagen hebt zal hij in een geestachtig iets veranderen, Midna doet de Fused Shadows op en teleporteert Link en Zelda in veiligheid. Midna probeert Ganondorf te verslaan, maar dat lukt niet. Op Hyrule Field zien Link en Zelda Hyrule Castle ontploffen. Ganondorf verschijnt op zijn paard en je moet hem, met behulp van Zelda's Light Arrows zien te verslaan. Als laatste onderdeel stapt Ganondorf van zijn paard en je moet hem, zonder Zelda's hulp, bevechten. Op het eind steekt Link z'n Master Sword in de wond die is toegebracht door de Six Sages bij de Mirror en verliest Ganondorf zijn Triforce of Power. Zant verschijnt en breekt zijn nek waarop Ganondorf verlamt, zijn pupillen verdwijnen uit zijn ogen en hij blijft levenloos staan op Hyrule Field.